实验中发现两个蛋白的表达有调控关系，如何用生信方法确认？以下几步简单粗暴，不得不试 （文字少，全是干图）。A 先看两个蛋白有没有直接相互作用。1. 肯定要先试试最著名的 STRING 了。STRING 官网 -db.org。在首页左侧边栏中，选择 Multiple proteins，在右边输入框中输入蛋白名称和研究对象种类。随后不停的 continue，就能看到结果了。根据两个蛋白之间连线的颜色，可以判定两个蛋白的可能相互作用类型（Known Interactions，Predicted Interactions，others）。如果通过蛋白的名称在 STRING 检索不到，还可以通过输入蛋白的氨基酸序列来检索。氨基酸系列可以在 UCSC 官网，选取 hg19 版本。检索蛋白或编码基因名称，点击图中第一条黑色横线后，进入序列界面。点击图中 Protein（XX aa）获取 fasta 格式的氨基酸序列。再回到 STRING 主页，左侧选取 Multiple sequences，右侧输入刚刚获取的两个蛋白的序列，就可以得到结果了。2. 另一个在线软件是 struct2net 的 online 版本，主页 。界面也非常友好。与 STRING 类似，首先把蛋白名称输入。得到结果。当然，对于数据库中没有收录的蛋白名称，也可以通过粘贴氨基酸序列的方法进行检索。B 如果第一步没有发现相互作用，可以分别查找所有的相互作用蛋白，看是否有交集，也就是间接相互作用。1. 首先依然是 STRING 了。STRING 官网 -db.org。在首页左侧边栏中，选择 Protein by name。先输入其中一个蛋白的名字，随后不停的 continue，得到与此蛋白直接相互作用的所有蛋白。随后再进入首页输入另一个蛋白名称，也得到结果，在图下方可以选取以文本形式 download。就可以取交集了。小 tip：如果把交集蛋白连通关系的两个蛋白，一起放进 STRING，会有意想不到的效果哦，我们得到了两个蛋白的互作网络。2. Hitpredict 在线软件可以实现类似的功能。官网 。同样简单粗暴，输入蛋白名称，得到结果。分别输入两个蛋白名称，得到结果。以 txt 格式下载后，就可以取交集了。C 如果前两步都没有可靠的结果，则进一步查看，是否发生蛋白与 DNA 的相互作用，也就是一个蛋白是否对另一个蛋白的编码 DNA 有调节作用。1. PROMO 数据库是此类研究的最常用数据库。官网 -bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3。 使用前，首先要得到两个蛋白对应的启动子序列。序列依然从 UCSC 获取。点击 Genomic Sequence（chr XXXX），得到序列选取界面，选取上游启动子区域（通常 Upstream 2000）。当然如果编码区域较短，也可以把编码区域也选上。点击 submit 后得到 fasta 格式的序列。随后进入 PROMO 网站，SelectSpecies 后 SearchSites 。将 DNA 序列贴入。Submit 后得到结果。查看与此 DNA 可能结合的蛋白中有无我们关心的那一个（也就是另一个蛋白）。2. 也可以在 GENECARDS 网站中直接分别搜索两个蛋白的编码基因名称，在结果中找到 Regulatory Elements for XXX Gene 表格。点击左下角 See All at QIAGEN 就可以得到此蛋白的编码 DNA 有没有受到另一个蛋白的调控了。4. 我们还可以在 GEO DATABASE 中查看是否已经有我们关心的两个蛋白的 chip-seq 数据。GEO DATABASE 官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/。 搜索其中一个蛋白名称，下载 chip-seq 数据（最终结果多为 excel 格式），就可以查看有没有跟另一个蛋白的编码 DNA 相互结合啦。如果到目前还没有结果，就只能靠自己实验了，毕竟软件的预测能力有限，数据库的收录也可能不全。这个时候自己做 chip-seq，co-IP 等当然是极好的了。作者：法斯特图片来源：法斯特